Geißeln, auch Flagellen, peitschenartige Fortsätze an Zellen vieler verschiedener Organismen, die meist der Fortbewegung dienen.

Die meisten Bakterien und einige Protisten (Einzeller wie Geißeltierchen, Cryptomonadales und viele einzellige Algen) bewegen sich mit Hilfe von Geißeln fort. Pro Bakterienzelle treten Geißeln einzeln oder zu mehreren auf und können büschelartig auf ein Zellende beschränkt sein, an entgegengesetzten Polen der Zelle sitzen oder über die gesamte Zelloberfläche verteilt sein; viele Bakterienarten kann man anhand der Anordnung ihrer Geißeln identifizieren. Die Geißeln von Bakterien (also Prokaryonten) unterscheiden sich grundsätzlich von denen der Eukaryonten: Sie haben eine völlig andere Proteinfeinstruktur, einen etwa zehnmal kleineren Durchmesser (knapp 20 Nanometer), und sie erzeugen Antriebskraft durch eine Eigendrehung der Geißel, nicht durch eine Art Peitschenschlag. Bakterien können ihre Bewegungsrichtung ändern, indem sie die Drehung ihrer Geißel(n) umkehren.

Geißeln kommen auch bei bestimmten Zelltypen mehrzelliger Lebewesen vor, z. B. an den für die Nahrungsaufnahme zuständigen Zellen im Inneren eines Schwammes. Bei manchen Hohltieren, den Lanzettfischchen, den Kiefermündchen oder den Bauchhaarlingen (zwei Gruppen mikroskopisch kleiner Würmer) sitzen Geißeln an einem so genannten Flimmerepithel, mit dessen Hilfe diese Tiere einen Flüssigkeitsstrom durch bestimmte Organe ihres Körpers erzeugen oder Nahrungsbestandteile bzw. Fremdkörper transportieren. Darüber hinaus sorgen Geißeln für die Fortbewegung der männlichen Geschlechtszellen (Keimzellen) von Tieren, Moosen, Farnen, den meisten Algen und einigen Pilzen; bei manchen Algen und Pilzen vorkommende, der ungeschlechtlichen Vermehrung dienende Zoosporen sind ebenfalls begeißelt.