Mikroorganismen oder Mikroben, mikroskopisch kleine Lebewesen.

Mikroorganismen werden in Prokaryonten, denen ein membranumhüllter Zellkern fehlt (beispielsweise Bakterien), und Eukaryonten unterschieden. Zu den eukaryontischen Mikroorganismen, die einen echten Zellkern aufweisen, gehören Protozoen, manche Pilze und Algen. Da Viren und Viroide keinen eigenen Stoffwechsel haben, zählt man sie nicht zu den Mikroorganismen. Mikroben spielen u. a. aufgrund der von ihnen bewirkten Abbauprozesse eine überaus wichtige Rolle in der Natur. Viele dieser Organismen erzeugen Krankheiten bei Menschen, Tieren und Pflanzen. Mikroorganismen besiedeln auch extreme Lebensräume wie das Eis der Antarktis und Regionen unterhalb des Meeresbodens; manche leben bei Temperaturen von über 90 °C. Australische Forscher berichteten 2000 über den Fund so genannter Nanoben, wobei es sich um kleinste, in Gesteinsproben nachgewiesene, nur 20 bis 150 Nanometer große Mikroorganismen handeln soll.